دوره‌های دکتری در دانشکده کامپیوتر به دو صورت آموزشی پژوهشی ( (taught and researchمی باشد که پذیرش در دوره آموزش محور از طریق برگزاری آزمون سراسری و مصاحبه علمی صورت می‌گیرد. در دوره آموزش محور، دانشجویان پس از گذراندن دروس تخصصی مربوط به گرایش خود، در آزمون جامع شرکت می‌نمایند و پس از موفقیت در این آزمون، وارد مرحله اخذ رساله دکتری می‌گردند. دانشجو پس از تأیید پیشنهاد رساله دکتری خود توسط کمیته تخصصی، می تواند پژوهش های تخصصی خود را در زمینه رساله دکتری آغاز کند. پس از این مرحله با چاپ مقاله در مجلات معتبر علمی، دانشجو می‌تواند جلسه دفاع از رساله خود را برگزار نماید.

در حال حاضردوره دکتری در دانشکده کامپیوتر در گرایش‌های زیر دانشجو می پذیرد:

•    مهندسی کامپیوتر گرایش نرم افزار
•    مهندسی کامپیوتر گرایش شبکه های کامپیوتری
•    مهندسی کامپیوتر گرایش هوش مصنوعی و رباتیکز
•    مهندسی کامپیوتر گرایش معماری سیستم های کامپیوتری