پذیرش در دانشکده مهندسی کامپیوتر در مقطع کارشناسی ارشد به دو روش آزمون سراسری و بدون آزمون (ویژه دانش‌آموختگان ممتاز) صورت می‌پذیرد. در این دوره دانشجویان پس از گذراندن دروس مربوطه، در یک زمینه تخصصی پایان نامه خود را اخذ می نمایند و پس از موفقیت در جلسه دفاع از پایان‌نامه، موفق به اخذ دانشنامه در مقطع کارشناسی ارشد در گرایش تخصصی خود می گردند. در حال حاضر امکان ادامه تحصیل در مقطع کارشناسی ارشد دانشکده کامپیوتر در گرایش‌های زیر فراهم می باشد:
· مهندسی کامپیوتر گرایش نرم افزار
· مهندسی کامپیوتر گرایش هوش مصنوعی و رباتیکز
· مهندسی فناوری اطلاعات گرایش معماری سازمانی
· مهندسی کامپیوتر گرایش معماری سیستم های کامپیوتری